La infección por el virus de la hepatitis C (VHC) es uno de las mayores problemas de salud pública a nivel mundial, que se incrementa progresivamente por la ausencia de una vacuna preventiva. En Cuba la prevalencia en la población general es baja (0.6 - 1.9%) así como en donantes de sangre (0.7 - 0.8%), pero es más elevada en los diferentes grupos de riesgo como hemofílicos, donantes por plasmaféresis, pacientes con enfermedades oncohematológicas, pacientes en diálisis y seropositivos al VIH con prevalencias de 59, 47.3, 19.5, 95.6 y 14.2% respectivamente. Los estudios genéticos del VHC son muy importantes, ya que son premisa fundamental antes de imponer el tratamiento, permiten conocer la presencia de mutaciones relacionadas con la resistencia a la terapéutica, la existencia de recombinantes naturales del virus, definen las relaciones genéticas con otras cepas circulantes a nivel mundial y nos acercan a aspectos evolutivos y relación filogenética del agente. Diversas técnicas, diferentes regiones del genoma y distintos grupos de riesgo se han estudiado desde 1992 hasta la fecha. Todos apuntan a un predominio de circulación del genotipo 1 en nuestro país, principalmente el subgenotipo 1b, seguido del 1a. Otros genotipos circulantes son el 2, 3, 4 y 6.